A implantação de Centros de Treinamentos Profissional estava previsto na Lei 8.630/93. A criação da Fundação Centro de Excelência Portuária de Santos ocorreu em 2007, quando uma delegação brasileira constituída por sindicalistas portuários, representantes de entidades patronais e professores realizaram um intercâmbio para consolidação de cooperação técnica junto à Autoridade do Porto de Antuérpia e ao Porto de Rotterdam, Holanda, buscando a excelência das escolas europeias no treinamento e capacitação do trabalhador portuário. Ainda naquele ano, o CAP-SANTOS por meio da Resolução nº 8, de 21 de agosto de 2007 e a Prefeitura Municipal de Santos por meio da Lei Municipal nº 609, de 12 de dezembro de 2007 oficializaram a implantação deste Centro.